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生物組培車間凈化系統工程主要是為了在植物組織培養過程中避免污染，建設經濟適用并適合生物組培的環境，使藥物配置、接種、培養等過程都在合適的條件下完成。該昆明凈化工程的重點是對于無菌室的構建和設計，根據要求無菌組織培養接種物的清潔水平應達到10,000級別，使用超清潔工作臺可達到局部100的清潔水平，主要的接種任務在超清潔工作臺上完成。其次，照度不小于300 LUX，相鄰區域之間的壓力差不小于5 Pa，正常區域不小于10 Pa，并且溫度和濕度在正常范圍內。
凈化工程對于不同功能的組培車間有不同的設計要求。其中滅菌室主要負責實驗器具的清洗、干燥、放置和培養基滅菌等，設計要求空間明亮寬敞、地面容易清潔并防滑。培養室主要用于離體材料的培養，需要根據材料調節光照和溫度，并能夠交換空氣滿足生長需求，這些都需要在相對無菌的條件進行。在環境要求比較嚴格的空間，操作人員需要穿滅菌服，并對環境進行殺菌處理。比如接種室，需要對空間進行清潔消毒，并用紫外線滅菌燈照射滅菌。
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